由于澳大利亚在保护大堡礁方面已经取得了很大进展，世界遗产委员会暂没有将大堡礁列入世界濒危遗产名单，但要求加快解决大堡礁的自然生态环境受到破坏的问题，加强保护是当务之急。

澳媒报道说，国际环保专家担心大堡礁所处的环境问题，尤其是对大堡礁海岸沿线港口和资源开发项目破坏生态的现象提出批评。目前正在多哈举行的联合国教科文组织世界遗产委员会年度会议上，指出澳大利亚应加快解决大堡礁的环境问题，以免在明年的年会上将大堡礁列入世界濒危遗产名单。

对此，澳联邦政府环境部长亨特表示，政府在保护大堡礁方面正在做出积极努力，联邦和昆州政府每年为大堡礁改善环境投入1.8亿澳元的资金。昆士兰州环境厅长鲍威尔也表示，努力解决港口开发可能对环境造成的影响，对大堡礁环境的改善已取得显著进展。

一项调查显示，大部分被访者认为目前加强对大堡礁的生态保护是当务之急。有近三分之二的被访者指出，在过去10年大堡礁附近的工业发展使环境受到破坏。世界自然基金会的人士莱克在多哈会议上说，支持更有力地保护大堡礁的措施，防止商业开发对大堡礁造成的威胁。